El 3 s'abril de 1653 Josep Margarit escriu "La relació fidel i exacta del setge de Barcelona fet pels espanyols els anys 1651 i 1652". Josep Margarit va ser el principal cap militar de les tropes francocatalanes durant la Guerra dels Segadors. El gener de 1641, la seva intervenció és decisiva perquè la Corona Hispànica no pugui alimentar les seves tropes en el setge de Barcelona, fet que va contribuir decisivament a la victòria en la batalla de Montjuïc. Posteriorment, va encarregar-se de la defensa del Camp de Tarragona comandant els miquelets. Aquest any té un paper protagonista en múltiples batalles: Valls, l’alliberament del cos del baró de Rocafort a Cambrils i de 400 presoners a Constantí, així com els els combats a Montmeló, Vilafranca del Penedès i La Granada. Alguns estudiosos han apuntat que els seus èxits militars s'expliquen per la seva experiència en el camp del bandolerisme i la guerra de guerrilles. El setembre de 1641 forma part de l’ambaixada de la Diputació del General que segella el pacte de col·laboració amb Lluís XIII. Aproximadament un any més tard, envia Magí Sivillà a París com a emissari polític i tutor dels seus fills.
Les victòries militars de Margarit el converteixen el principal enemic a abatre per la Corona Hispànica. El 1642 impedeix que les tropes castellanes de Pedro de Aragón travessin el Principat per socórrer les forces de Felip III d’Aragó al Rosselló; també lidera la recuperació catalana de la Vall d’Aran (1643), organitza l’abastament de gra per abastir les tropes catalanes a Lleida (1646) i es converteix en el líder de la resistència en el setge de Barcelona (1651-52), negant-se a abandonar una ciutat infestada per la pesta. Capitulada la ciutat, lidera les incursions militars (Ponts, Solsona, Cardona, Ribelles, Cadaqués, La Seu Urgell) per recuperar el control del Principat. El Tractat dels Pirineus (1659) evaporà les esperances de Margarit de vèncer la Corona Hispànica.
Com a governador de Catalunya durant la Guerra dels Segadors, Margarit fou l’encarregat de garantir l’ordre públic i llimar les tensions entre els soldats francesos i la població catalana. Des d’aquesta responsabilitat, assumia les funcions de virrei en l’absència d’aquest càrrec. Margarit s'encarregà d’arrestar personalment l’oïdor militar Domènech Negrell (1649) i el militar Ferdinand de Marchin (1650). La seva acció determinada contra les tropes castellanes provocà que la Corona Hispànica l’intentés subornar i assassinar, a més de destruir el castell que tenia a Vallespinosa (1648). En vèncer les tropes castellanes, Margarit fou l’única persona que es va excloure del Perdó General emès pel rei Felip IV.
Margarit és l’autor de La relació fidel i exacta del setge de Barcelona fet pels espanyols els anys 1651 i 1652, una crònica encomanada per la reina regent Anna d’Àustria per dilucidar les causes de les tropes francocatalanes a la capital catalana.
