En 1938 hi havia 2.487 persones detingudes, en la seva majoria dirigents polítics i sindicals i militants revolucionaris i republicans. Aquests eren tractats de forma inhumana amb maltractaments en forma de pallisses, gana extrema i polls, havent-hi constància de la mort per aquestes condicions de 305 presos, comptabilitzades de l'1 de gener de 1937 al 6 de juliol de 1945.
La fugida va ser preparada per uns trenta presos de forma minuciosa. L'operació es va iniciar a l'hora del sopar, moment en què hi havia més dispersió dels guardians. En diferents grups van ser desarmant a varis d'ells i després d'agafar el seu armament, es van dirigir on estava sopant la companyia de soldats de guàrdia. Un soldat que va oposar resistència, va morir com a conseqüència d'un cop amb una barra. Posteriorment es van rendir també els soldats de les garites. En una mitja hora el fort va ser pres pels reclusos, que van sortir a l'exterior.
Un soldat que tornava de Pamplona es va advertir del que estava passant i va baixar a la ciutat a donar la veu d'alarma. A més, un pres, el falangista Ángel Alcázar de Velasco, empresonat després dels successos d'abril de 1937 a Salamanca, també va córrer muntanya a baix per avisar.
Quan els camions dels militars amb grans reflectors es van apropar cap al fort, alguns dels presos van desistir en la seva fugida, de tal forma que van ser comptabilitzats 1.692 presos a les 3:30 de la matinada. Es van escapolir, per tant, 795 dels detinguts, que anaven mal calçats i vestits, desnodrits, amb escassos fusells i en desbandada, sense organitzar un pla de fugida. Es va iniciar immediatament la seva cacera, i sense gaire resistència van ser sent abatuts i detinguts. Consta que el mateix dia 23 es va detenir 259 evadits, el dia 24 ja eren 445 i els dies successius a grups menors. L'últim va ser capturat el 14 d'agost, tres mesos després, sent anomenat "Tarzán", per aguantar tant temps sol a la muntanya.
Dels 795 escapolits van ser detinguts 585, passant només la frontera francesa tres d'ells, i s'identificaren 187 cadàvers, als quals cal afegir 24 morts més sense identificar. Això dóna, segons la comptabilitat del fuerte, quatre més, que poguessin ser fugits de la repressió en la rereguarda trobats després de les intenses perquisicions desenvolupades per capturar als escapolits del fort. Encara que la major part va morir a Ezcabarte, que és la cara nord de la muntanya, a Olaibar i a Baztan, la majoria està registrada a Ansoáin en la faldilla sud de la muntanya. En total, 211 assassinats durant la captura dels escapolits. Dels capturats, 16 van ser sotmesos a judici acusats de ser capitosts, un va ser internat al manicomi de Pamplona i 14 d'ells van ser condemnats a mort. Aquests van ser afusellats darrere de la ciutadella el 8 de setembre d'aquest mateix any: Gerardo Aguado Gómez, Teodoro Aguado Gómez, Bautista Álvarez Blanco, Calixto Carbonero Nieto, Antonio Casas Mateo, Daniel Elorza Ormaetxea, Antonio Escudero Alconero, Ricardo Fernández Cabal, Francisco Herrero Casado, Francisco Hervas Salome, Primitivo Miguel Frechilla, Miguel Nieto Gallego, Rafael Pérez García i Baltasar Rabanillo Rodríguez.
En les posteriors diligències apareix el delator falangista Ángel Alcázar de Velasco, que va veure reduïda la seva pena. Amb la reducció de penes també es van veure agraciats altres 60 interns per col·laborar. El director de l'establiment, Alfonso de Rojas, va ser destituït del seu càrrec.
