Prat, com a director de La Veu de Catalunya , fou cridat a declarar pel jutge instructor militar l’1 d’abril, condemnant-lo aquest a entrar a la presó l’endemà mateix. Prat estigué empresonat una setmana a la presó barcelonina del carrer Amàlia. Ingressà a la presó el 2 d’abril i el 7 passà a la situació de llibertat provisional en el seu domicili. El 22 de maig de 1902, es lliurà de les mesures restrictives en beneficiar-se de l’indult general que el 17 de maig es decretà amb motiu de la coronació del Rei Alfons XIII.
La detenció d’Enric Prat de la Riba provocà la protesta generalitzada d’amplis sectors ciutadans, com foren els diputats regionalistes, el bisbe Casañas i altres directors de diaris. La seva estada a la presó el marcà de per vida car, durant aquells dies, Prat contragué una malaltia (diagnosticada com la de Basedow), que pocs mesos després l’obligà a retirar-se al sanatori francès de Durtal, alPuy de Dôme, on estarà deu mesos.
Un mes més tard (maig del 1902) passà el mateix amb el nacionalista basc Sabino Arana, que fou empresonat per haver intentat felicitar el president nord-americà Roosevelt per atorgar la independència a Cuba. Però tant Prat com Arana van "contagiar-se" a la presó de la mateixa malaltia (suposadament la malaltia de Basedow), una afecció suprarenal, que els va portar ambdós a la mort. Aquestes "coincidències" van fer pensar a alguns ciutadans que en realitat els líders nacionalistes varen ser enverinats a la presó (tal com havia passat segles abans amb Pau Claris).
3 anys més tard (1905) els militars espanyols van assaltar la redacció de La Veu de Catalunya i El Cu-cut i les van destrossar.