Amb la derrota s’exilia a França mantenint la militància a Estat Català. Forma part d’una cadena d’evasió d’aquesta organització que donava suport a l’Intelligence Service britànic, recuperava i passava soldats aliats i gent perseguida de l’Europa ocupada, duent-los al consolat anglès des d’on anaven a Gibraltar o Portugal. L’Amir va convertir-se en un dels guies més eficaços i experimentat del Pirineu, passant infinitat de persones.
Va contactar amb el maquis anarquista, a través d’en Raul Carballeria, incorporant-se a ells seguint amb la seva tasca de guia passant propaganda, armes i lluitadors que venien a combatre la dictadura amb accions armades.
A la fi de la Segona Guerra Mundial, molts nazis van intentar entrar a l’Espanya franquista buscant la protecció de la dictadura. Tant l’Amir com el mític Marcel·lí Massana van trobar-ne en els seus camins per la muntanya, en aquestes topades van matar-ne uns quants. L’Amir era conegut amb el nom de guerra del “Sheriff”.
El 1942 va ser detingut sense que hàgim pogut esbrinar els motius. El 1946 pateix un arrest de vint dies. En una d’aquestes detencions junt amb Lluís Agustí Vicente “Metralla” la policia intenta, sense aconseguir-ho, que treballin per ells.
En una recuperació econòmica, el 4 de gener de 1949 a la Banca Soler y Torra Hermanos, si li va disparar accidentalment la pistola causant la mort d’un home, en Salvat Figueres. El 20 de maig de 1949, entrant al domicili particular d’en F. Puig Alemany on tenia el despatx de contractista d’obres per fer un atracament, la mare i la filla d’en Puig en sentir el rebombori se’n van cap al despatx; la filla s’abalança damunt l’Amir i en el forcejament es dispara la pistola morint la noia d’un tret al cap. Per aquests fets quan fou jutjat el culparen per homicidi involuntari.
És detingut en una caiguda múltiple el 5 de maig de 1950, i encausat, junt amb 25 membres més del maquis, pel Tribunal para la Represión del Bandidaje y Terrorismo en Consell de Guerra Sumaríssim en la causa 658-14-49; tot i que 72 hores després, s’atura el procediment i es redueix a “simple” Consell de Guerra. És probable que aquest canvi fos degut a les pressions d’anglesos i francesos, ja que, entre els processats, hi havia l’Amir, que tant havia ajudat la causa dels Aliats. El dia del Consell s’hi presentaren els cònsols generals d’aquests països a Barcelona. Un gran moviment en suport dels maquis, a qui els perillava la vida, va somoure tot Europa, per primer cop van fer-se manifestacions de protesta contra l’actuació dels militars espanyols. Els actes van sortir dels cercles de l’exili abastant entitats, partits, intel·lectuals i polítics de totes les tendències. Aquestes actituds es van incrementar després de les execucions.
Els militars imparteixen nou condemnes a mort, entre elles una per l’Amir, i llargues penes de presó pels altres. Quatre de les penes de mort són commutades la vigília de l’execució, quan els condemnats ja estaven en capella, per trenta anys de presó.
En Santiago Amir junt amb en Pere Adrover Font, Josep Pérez Pedrero, Jordi Pons Argilés i Ginés Urrea Peña són afusellats al Camp de la Bota, el 14 de març de 1952. Van ser els últims executats en aquest lloc. Amb l’escàndol internacional, d’una banda, sumat al fet que havia de celebrar-se a Barcelona, el XXXV Congrés Eucarístic Internacional, el Vaticà va exigir que s’acabessin aquestes brutalitats, que encara romanien tretze anys després d’acabada la guerra. El franquisme ho va acceptar, però no per això va deixar de matar, a partir d’aleshores ho faria dins les presons amb el tètric sistema del garrot vil.
