La reacció davant el plante de la institució catalana fou l'ordre de detenció contra el diputat militar, Joan Granollacs, donada al nou virrei, en Pere Lluís Galceran de Borja i de Castre-Pinós. Però l'intent de detenció al carrer el 24 de maig de 1591 va ser un fracàs (els amotinats cridaven 'Visca el general. Morin els enemics de la Terra'). La Generalitat es tanca al Palau i, de facto, es produeix una paràlisi política que serà aprofitada per la monarquia per a preparar la divisió interna dels diputats. Fou la figura de Jaume Caçador qui primer es va desmarcar de les posicions més dures, en part atemorit per les notícies que arribaven de Saragossa sobre la repressió reial arran de les alteracions d'Aragó i que varen acabar amb la decapitació fulminant del justícia Joan V de Lanuza. En un clima d'incertesa, es demanà la constitució d'una divuitena per a l'expulsió del lladres de Catalunya. Hom va veure en aquesta proposta una forma encoberta de crear un exèrcit popular que s'oposés a les forces reials. Finalment, Granollacs es trobà sol al retirar-li el suport la resta de diputats i oïdors.
Els revoltats acaben fugint de Barcelona i Granollacs es refugia a Occitània.
Temporalment, minven les tensions institucionals i la Diputació aprofita per demanar l'indult reial dels fugits, cosa que no fou acceptada. A Granollacs se li varen confiscar els béns per decret de la Reial Audiència per valor de 12.000 lliures i s'aplicà un control sobre els insaculats per a evitar que optés cap partidari del revoltat Granollacs.
Joan Granollacs s'havia instal·lat a Avinyó on tenia bons contactes comercials i financers i on contragué segones núpcies amb Francesca de Fortàs amb la qual tingué cinc fills.
Anys més tard, als funerals de Felip II (Felip I d'Aragó) a Barcelona el 1598 no hi assistiren membres de la Diputació del General (la Generalitat) per la poca popularitat del rei i perquè el lloctinent reial i els jutges reials (pro-Felip II) ocupen els espais centrals de la Catedral.
