El 1973, després del cop d'estat militar a l'Uruguai, es veu forçat a abandonar l'Uruguai a causa de la seva militància compromesa en la lluita revolucionària, fet que l'obliga a renunciar al seu càrrec a la Universitat, i s'exilia a Buenos Aires. En aquesta etapa recorre l'Argentina, el Perú, Cuba i l'Estat Espanyol. A llarg dels deu anys d'exili visqué allunyat del seu país i de la seva esposa, que va romandre a l'Uruguai cuidant de les mares de tots dos.
El 1976 torna a Cuba, aquesta vegada com a exiliat, i es reincorpora al consell de direcció de la "Casa de les Amèriques". El 1980 es trasllada a viure a Palma de Mallorca. Dos anys desprès inicia una col·laboració setmanal a les pàgines d'opinió del diari madrileny El País. El mateix any Cuba li atorga l'Ordre Félix Varela. El 1983 trasllada la seva residència a Madrid.
El març de 1983 retorna a l'Uruguai, i inicia un període que ell mateix ha anomenat "desexili" i que ha estat motiu de moltes de les seves obres; passa a formar mart del consell editor de la nova revista Brecha, que continua el projecte de Marcha, interromput per la dictadura el 1974.
El 1986 rep el Premi Hristo Botev de Bulgària, per la seva obra poètica i assagística; i el 1987 és guardonat per Amnistia Internacional amb el Premi Flama d'Or per la seva novel·la Primavera con una esquina rota. El 1989 és condecorat amb la Medalla Haydeé Santamaría per l'estat Cubà.
El 1997 és investit Doctor Honoris Causa per la Universitat d'Alacant; i el 1999 és guardonat amb el Premi Reina Sofía de Poesia Iberoamericana i l'any 2000 amb el Premi Iberoamericà José Martí.
Morí aquest diumenge 17 de maig de 2009 al seu domicili de Montevideo (Uruguai), a l'edat de 88 anys, segons informaren fonts pròximes al seu entorn familiar. Benedetti fou donat d'alta de l'hospital el 6 de maig, després d'haver-hi estat ingressat dotze dies a causa d'una malaltia intestinal.Els darrers anys de la seva vida els repartí a cavall del seu país i l'Estat espanyol.
