Dies després d'aquestes protestes l'exèrcit va ocupar la Universitat de Mèxic i el 2 d'octubre va assassinar fins 300 persones, en el que es coneix com la Matança de Tlatelolco.
La història de les mobilitzacions dels universitaris a Mèxic és molt àmplia. Específicament en la UNAM, les mobilitzacions socials ocorren a partir de 1929 en el marc de la Reforma universitària que s'estenia per tota Amèrica Llatina. La participació multitudinària d'estudiants i professors va pressionar perquè el govern federal concedís l'estatus de autonomia que la universitat va gaudir des de llavors. A partir d'aquest any, la universitat va obtenir el seu nom definitiu: Universitat Nacional Autònoma de Mèxic.
En 1968, la UNAM es va veure en el centre de les protestes estudiantils que en unió amb les més importants universitats existents llavors a la capital, com la Universitat Iberoamericana, El Col·legi de Mèxic, el IPN, la EBC, i La Salle, buscaven utòpicament que el govern desarmés el seu aparell repressiu i que es donés pas a una veritable democràcia. El govern va intentar durant llarg temps afeblir el moviment amb infiltrats, però la unió estudiantil els va superar. El govern al veure's en gran disjuntiva i a setmanes que donessin inici els primers Jocs Olímpics a Mèxic va decidir frenar el moviment amb la massacre de Tlatelolco ocorreguda a la Plaça de les Tres Cultures.
La UNAM ha estat escenari de molts moviments contestataris. Entre ells estan les vagues estudiantils de 1968, 1987(moviment del CEU) i 1999. Aquests dos últims han estat en resposta a la intenció governamental d'eliminar el caràcter públic i gratuït de l'educació superior plasmat en la constitució de la república.
