Els actes d'Ali refusant ser enrolat en l'exèrcit nod-americà i unint-se a la Nació de l'Islam van convertir-lo en una figura extremadament controvertida i polèmica. Fent acte de presència en manifestacions al costat de líders de la Nació de l'Islam com ara Elijah Muhammad i Malcolm X i declarant-los la seva lleialtat en una època en que la corrent general de l'opinió pública nord-americana els veia amb franca hostilitat, Alí va convertir-se en objecte d'odis i sospites. Fins i tot semblava que ell buscava provocar aquestes reaccions, amb punts de vista que oscil.laven des del suport als drets civils fins a fer apologia del separatisme racial.
El 1970 li va tornar a ser concedida la llicència per boxejar, seguint la sentència del Tribunal suprem on també es reconeixia el seu dret a no servir a l'exèrcit alegant moutis religiosos.