El 18 de març de l'any 1982 Fernández Díaz va fer empresonar 6 militants independentistes per haver portat uns dies abans una pancarta on s'hi podia llegir la paraula “independència”. El governador civil va fer coincidir la detenció dels independentistes amb el fet que el jutge Luis Fernando Gómez Vizcarra estigués de guàrdia per facilitar-ne l'empresonament sota l'acusació de sedició i d'ultratge a la nació espanyola (finalment els independentistes van estar 5 setmanes empresonats a les presons de la Model i la Trinitat).
Més tard, ja com a ministre de l'Interior, va decidir reformar "en profunditat" el Codi Penal, la Llei d'enjudiciament criminal i la llei orgànica de protecció de la seguretat ciutadana. El ministre de l'Interior, Jorge Fernández Díaz , va justificar aquest enduriment al·legant que calia lluitar contra el que va anomenar una "espiral de violència" practicada pel que va definir com "col·lectius antisistema" que practiquen "tècniques de guerrilla urbana". Totes les mesures que va proposar el ministre anaven dirigides a mantenir un major control de l'ordre públic . Entre elles l'enduriment de les sancions per la violència urbana, equiparant-la a legislació antiterrorista dissenyada per tractar els casos de kale borroka del País Basc. Aquest enduriment de les lleis contra els manifestants van rebre el suport del conseller d'Interior Felip Puig que va declarar “Es tracta que la gent tingui més por al sistema".
Una altra de les propostes de Fernández Díaz era incloure com a delicte "d'atemptat a l'autoritat la resistència passiva o activa gran" (de fet va aconseguir el seu objectiu perquè les condemnes del Judici del Procés es justifiquen per la penalitzaciò de la resistència passiva de l'1 d'octubre) . Amb aquesta legislació podrien ser condemnats per atemptat totes les persones que acudeixin a les mobilitzacions sense prèvia notificació a la Delegació de Govern. La reforma proposada preveia que fos considerat "delicte d'integració en organització criminal" difondre a través d'Internet i les xarxes socials les convocatòries "violentes" i que "alterin greument l'ordre públic", que podrien ser totes aquelles que no hagin estat notificades i que es neguin a abandonar el lloc tot i l'avís de la policia.
L'any 2015 Fernández Díaz va fer que la seva policia política acutés a Andorra provocant el tancament de Banca Privada d'Andorra (i l'empresonament del seu conseller delegat Joan Pau Miquel) perquè no es va creure la quantitat de diners que la família Pujol tenia en aquest banc (Joan Pau Miquel va informar al Fernández Dïaz que els Pujol tenien 3,1 milions d'euros al banc i Fernández Dïaz es pensava que la quantiat de diners era més gran). Durant aquells mesos Jorge Fernández també va contractar un software per espiar els polítics catalans.
Jorge Fernández Díaz justifica totes aquestes actuacions contra l'independentisme des d'un punt de vista sagrat ja que està convençut que el 'dimoni vol destruir Espanya'.
