Poc després del cop d'estat del general Primo de Rivera de setembre del 1923, el dictador va fer públic que per resoldre les reivindicacions catalanistes havia decidit acabar amb el exclusivismo malsano de què gaudia Catalunya, malgrat que la Mancomunitat estava contemplada per la legislació espanyola. El 29 de gener de 1924 el govern de la Mancomunitat va ser destituït. Durant uns dies el càrrec de president va estar ocupat interinament pel governador militar Carlos de Lossada, fins que l'anticatalanista Alfons Sala, de la Unión Monárquica Nacional, fou imposat per Madrid com a president definitiu de la Diputació de Barcelona, amb l'objectiu d'espanyolitzar la Mancomunitat i buidar-la de contingut. A partir d'aquest moment tota l'activitat de la institució es va aturar, s'acabaren totes les mostres de catalanisme, es van deixar de seguir els exemples europeus de governança, i la d'investigació científica fou eliminada.

Un decret va dissoldre les diputacions provincials i també va cessar els diputats elegits per sufragi universal, mentre facultava els governadors civils per designar-ne a dit els nous membres. Finalment la Mancomunitat fou suprimida el 20 de març de 1925 amb l'establiment de l'estatut provincial, ja que el dictador Primo de Rivera considerava que la institució "ayudava a deshacer la gran obra de unidad nacional".