El 1948, Pius XII va declarar que qualsevol italià catòlic que donés suport als candidats comunistes a les eleccions parlamentàries d'aquest any seria excomunicat i va instar Azione Cattolica perquè donés suport a la Democràcia Cristiana. El 1949, va autoritzar la Congregació per a la Doctrina de la Fe a excomunicar qualsevol catòlic que milités o donés suport al Partit Comunista.
Deu anys abans (1939) va ser elegit papa i una de les seves primeres decisions va ser la d'esborrar de l'Índex les obres de Charles Maurras, fundador del partit d'extrema dreta l'Action Française (grup antisemita i anticomunista), als membres del qual els va ser aixecada la prohibició de rebre els sagraments que pesava sobre ells des del pontificat de Pius XI. També aquest any va publicar la seva primera encíclica, la Summi Pontificatus, per la qual condemnava qualsevol forma de totalitarisme. No obstant això, afavorí clarament el règim franquista espanyol, el salazarista portuguès i el peronista argentí.
En la tot just esclatada II Guerra Mundial va mantenir, almenys des d'un punt de vista formal, una neutralitat entre els bel·ligerants, tal com havia fet Benet XV en la Gran Guerra anterior. A efectes pràctics, va mantenir el concordat que ell mateix havia signat amb l'Alemanya Nazi quan encara era cardenal, sota el pontificat del seu predecessor Pius XI. El seu major propòsit era conservar la presència catòlica en els països al marge del seu alineament en la guerra, i per això per fi d'aquesta es va sentir fortament agredit per l'ateisme militant en els països que van quedar en l'òrbita de la Unió Soviètica.
Encara que havia quedat palesa la seva tasca caritativa i pal·liativa de les conseqüències del conflicte, la seva actitud massa tèbia i contemporitzadora d'abans que esclatés i partidista de després de la seva conclusió, ha estat i és objecte de gran polèmica, encara que cal assenyalar que va donar a milers de jueus directament i indirectament, com és el cas dels qui van salvar la vida per actes de baptisme falses que ell va ordenar se'ls fossin donades o dels milers de perseguits que van ser literalment entaforats en les dependències vaticanes.
D'altra banda, molts criminals de guerra nazis van aconseguir de fugir gràcies a la "ruta dels monestirs" o "ruta de les rates", habilitada pel bisbe Alois Hudal. Hudal afirma en les seves memòries que comptava amb l'aquiescència vaticana per afavorir aquesta fugida.