Abolida l'esclavitud als EUA després de la guerra de Secessió (1862-65), minvà l'entusiasme annexionista d'una part del patriciat cubà, però s'aguditzà la rivalitat tradicional entre la propietat de la terra, que solia ésser cubana, i el comerç de l'Havana, gairebé única font de crèdit per als terratinents, i que solia ésser peninsular. El gran comerç a l'Havana continuava introduït en el tràfic d'esclaus.
Entre els cubans, n'hi havia d'annexionistes, d'independentistes i de reformistes partidaris de continuar depenent d'Espanya, bé que com una veritable província més i no pas com a colònia. Fallits els moviments reformistes (1865-67), esclatà el «Grito de Yara» (1868). Carlos Manuel de Céspedes (1819-74) proclamà la república a la seva finca de la Demajagua, donà la llibertat als esclaus i els declarà soldats de la nova república.
L'abolició de l'esclavitud fou inscrita a la constitució cubana (1869). Seguí una guerra de deu anys, amb una mortaldat terrible. Vencedores les tropes del general espanyol Martínez de Campos, i després del tractat de pau de Zanjón (1878), que garantia la llibertat concedida per la república cubana als antics combatents negres de l'exèrcit vençut, la metròpoli finalment abolí l'esclavitud (1880). La guerra de 1868-78 havia arruïnat molts terratinents cubans, els béns dels quals havien estat embargats o destruïts. Una part de les hisendes en subhasta pública foren comprades per nord-americans, que, vers l'any 1890, arribaren a posseir una desena part de les terres cubanes conreades. Després de modests projectes reformistes d'Antonio Maura, els quals fracassaren, la guerra fou represa l'any 1895 a instigació del Partido Revolucionario Cubano de José Martí (1853-95).
La mortaldat a l'exèrcit espanyol fou immensa; el general espanyol Weyler, al seu torn, ordenà la concentració de la població rural cubana, tinguda globalment per sospitosa, i més de dos-cents mil civils moriren de fam i de malalties (aquest militar espanyol fou, de fet, l'inventor dels camps de concentració). El general Blanco substituí Weyler a la fi del 1897, i l'any següent concedí l'autonomia: seguiren motins integristes i l'explosió del cuirassat nord-americà «Maine» a la badia de l'Havana. Els EUA, que havien fet pressió debades al llarg de la guerra perquè Cuba els fos venuda, entraren en combat i destruïren l'esquadra espanyola davant Santiago.
El tractat de París (1898) consagrava la pèrdua de Cuba, Puerto Rico i les Filipines. L'illa fou governada i ocupada militarment per nord-americans durant tres anys. La República Cubana no fou proclamada (1902) sinó després que Washington imposés la Platt Amendment (1901, abolida el 1934), per la qual els EUA es reservaven el dret d'intervenir militarment a Cuba sempre que ho creguessin convenient; Cuba era, de fet, protectorat nord-americà amb avantatges en matèria d'exportació de sucre als EUA. La població de Cuba augmentà (es quadruplicà del 1900 al 1960), i de centre d'immigrants, esdevingué lloc d'emigrants, sobretot vers els EUA.