El 1888 José Rizal fundà la lliga filipina. Anteriorment s'havien produït alguns intents d'emancipació de la metropoli espanyola, com l'aixecament a la província de Cavite (1872), que havien estat seguits d'unes fortes mesures repressives. En el cas de Rizal, enganyat per les autoritats, fou detingut el 1892, i fou executat a Manila el 1896. Un seguidor seu, Andrés Bonifacio, fundà el Katipunan (1892), societat secreta filipina, que des del 1896, amb un dirigent més moderat, Aguinaldo, protagonitzà l'aixecament general contra els espanyols (1896-97). Aguinaldo, però, pactà amb l'exèrcit, i només la guerra hispano-nord-americana del 1898 impedí que els espanyols es mantinguessin a les Filipines.
La guerra hispanoamericana de 1898 es va desenvolupar en dos fronts: a Cuba, a les Caraïbes, i, a Àsia, a les Filipines. En aquest país on, desprès de tres segles d’administració colonial molt severa, la dominació espanyola es va qüestionar amb un moviment nacional, una revolta que va esclatar cap al 1896. Mentre els Estats Units entraven en guerra per “alliberar Cuba”, els filipins s'aliaven naturalment amb ells. Procedents de Hong Kong, les naus americanes arribaven a la badia de Manila.
L’1 de maig de 1898 delmaven la flota espanyola del Pacífic. El 12 de juny, Emilio Aguinaldo proclamava la independència. Desgraciadament per ells, els seus “aliats” tenien altres projectes per l’arxipèlag. El 12 de desembre següent, durant el Tractat de París, compraren la colònia per 20 milions de dòlars.
Reprimint el que s'anunciava com una guerra d’alliberació victoriosa, desdint les seves promeses i refusant reconèixer la independència, els Estats Units van substituir a Espanya en tant que potència tutelar. Una guerra desigual va esclatar el 4 de febrer de 1899. Capturat al 1901, Aguinaldo va prestar un jurament de fidelitat. Qualsevol que proclamés la independència seria, a partir d’aquell moment, empresonat o mort. Tot i que el comandant en cap de la Navy, Théodore Roosevelt, va declarar oficialment la fi de la guerra, el 4 juliol de 1902, aquesta es va prolongar amb fets fins al 1913. Molts dels oficials americans que en van prendre part eren veterans de la lluita contra els indis d'Amèrica del Nord. En el marc d’aquest “primer Vietnam”, van inventar els reagrupaments de poblacions en poblats estratègics. Van perdre 10.000 homes i els filipins entre 200.000 i 600.000 segons les estimacions.