L'avanç militar de les tropes aliades durant la segona guerra mundial i ell fracàs de l'exèrcit italià a Grècia, Líbia i Àfrica oriental, i sobretot l'inici de la invasió aliada d'Itàlia (el 10 de juliol els aliats havien desembarcat a Sicília), va motivar el seu empresonament per ordre de Víctor Manuel III d'Itàlia, el rei amb el qual havia dirigit l'estat feixista, qui va impulsar un cop d'Estat i va decretar la fi del feixisme (juliol del 1943).

Però poc després fou lliberat per paracaigudistes de les SS alemanyes el 12 de setembre del 1943. Tot seguit Mussolini va crear una república feixista al nord d'Itàlia (República Social Italiana o República de Saló) però l'avanç aliat el va obligar a fugir cap a Suïssa. Va intentar travessar la frontera disfressat d'oficial alemany, però va ser descobert a Dongo per membres de la Resistència (partisana) el 27 d'abril del 1945, i el dia següent va ser afusellat amb la seva companya Clara Petacci. Els seus cadàvers van ser exposats públicament, penjats pels peus, a la Plaça Loreto de Milà.