La tesi apunta a una operació orquestrada des dels propis serveis secrets del règim dictatorial de Pervez Musharraf. Els agents de l’espionatge pakistanès –conegut com a ISI– amb seu central a París i delegacions a Berlín, Madrid i recentment a Barcelona, haurien rebut l’ordre de generar un estat d’alarma entre la ciutadania i la classe política europea pocs dies abans de la visita de Musharraf a la seu de l’Europarlament de Brussel·les. Segons aquestes fonts, “havien de crear un estat en l’opinió pública favorable al règim i a la seva estratègia de lluita contra el terrorisme”. El govern de Musharraf preveia que la visita a Europa no seria massa gratificant, ja que s’esperaven crítiques per la seva actuació vulneradora de drets i llibertats. Unes crítiques que havien augmentat arrel de l’assassinat de Bhutto i de la proximitat de les eleccions del 18 de febrer. Els fets haurien anat així, segons fonts de la comunitat pakistanesa a Barcelona, que han aportat elements de credibilitat importants a la seva versió, però dels quals no podem donar massa detalls per raons de salvaguarda de la seva pròpia integritat. Un membre de l’ISI resident a Berlín i que respon a les inicials T.A. hauria arribat a Barcelona el 16 de gener. S’hauria apropat a la mesquita del carrer Hospital 91 i hauria contactat amb entitats musulmanes com Camí de la Pau. Es va interessar pels cursets de català i va voler participar de les oracions religioses. El 18 de gener va comunicar als serveis secrets que tot estava en ordre i va preparar una motxilla amb els cables i els rellotges temporitzadors. Aquesta motxilla va ser vista per diversos testimonis. Va anar a la mesquita del carrer Massanet amb la motxilla per  participar en una llarga oració. L’acompanyaven els creients que habitualment feien pregàries en aquell temple, entre els quals hi havia l’antic imam del carrer Hospital i el pastisser Ayud. Els serveis secrets pakistanesos ja s’havien encarregat d’alertar el CNI poques hores abans d’un possible atemptat, ja que els van dir que “havien localitzat potencials suïcides que viatjaven cap a Barcelona”. El 18 de gener els van comunicar que el seu confident havia pogut saber que l’atemptat era imminent. El CNI s’ho va creure i va preparar una gran operació per assaltar les mesquites del carrer Hospital i del carrer Massanet.